此曲源自春秋时期伯牙、子期的友谊的故事，这一故事虽年代久远，但人们常借用它慨叹知音难逢和对好友的怀念。《高山》、《流水》一直被人们看作是早期无辞琴曲的代表性曲目。
现存最早的琴谱见于明初的《神奇秘谱》，该书在解题中说：“《高山》、《流水》二曲本只一曲，至唐分为两曲，不分段数。至宋分《高山》为四段，《流水》为八段。”参照其他记载，这一说法是可信的。如：唐人刘禹锡、白行简味琴诗中就有了《流水曲》、《流水引》的提法。宋代《琴曲谱录》也有了《流水操》，可见它的渊源甚早，是可以追溯到唐代以前的。唐前此曲虽缺少明确记载，但从唐诗中对《三峡流泉》的描写来看，其内容很符合现存《流水》的音乐表现，如果它是《流水》的前身，那就可以上溯到传奏此曲的阮咸，也就是魏晋以前就有了此曲。总之，《流水》是一首历史悠久的著名琴曲，值得重视。
现存明、清谱集中刊载《高山》一曲的多达四十三种谱本，比《流水》还要多十多种。自从张孔山对《流水》一曲加工以后，情况又起了变化，正如《沙堰琴编》中所说：“《天闻阁流水》艳称海内，琴家每以不得其传为恨，或有自云其先人曾亲受学孔山者，自藏钞本宝而秘之。”情况确是这样，张孔山之后，刊刻、传钞此曲者多达十来种，都说是得自张孔山，但曲谱颇有出入，可能是张孔山在加工此曲中不同阶段的产物。据说张孔山是根据《德音堂琴谱》中同名琴曲，加工而成。加工后的《流水》增加了许多滚、拂、绰、注的手法，借以增强对水势的描写。为此，人们称之为《大流水》或《七十二滚拂流水》，成为近代最流行的曲目。
张孔山加工后的《流水》，保留了原曲中二、三两段泛音曲调，加强了四、五两段按音曲调，增加了六、七两段对水势的描写，最后变化再现了四、五两段的曲调。现分段介绍如下。
第一段为散起，曲调虽还不很明显，却蕴育着全曲的主题，有力的散音和急促的上滑音中，隐约地预示了主题音调。象有一股不可遏止的力量，一旦时机到来，就要奔腾呼啸起来。
第二、三两段，重复奏出活泼而富有生机的泛音曲调，象是山涧的小溪，冲开了顽石的阻拦，源源不断地奔流而出，唱起了对未来的赞歌。其第二段的曲调是：
（五线谱）
第四、五两段，运用婉转而流畅的按音曲调，描写涓涓细流汇集为滚滚洪流的过程。主调经过发展和变化，在尾部以连续下行的摸进加以延伸，形成顺流而下，一泻千里的气势。如第五段：
（五线谱）
第六、七两段用连绵不断的滚拂手法，和声势汹涌的低音滑奏，来描写滔滔不绝的流水，象是急流撞击险滩暗礁。用大绰的手法奏出的不协和音，更增添了紧张气氛。首、尾简洁有力的曲调，则揭示出不畏艰险、勇往直前的性格。
