1937年全面抗战爆发后，黄自辞去教务主任之职务，集中精力从事教学和编写《音乐史》及《和声学》两部论著。
1938年5月9日，黄自因患伤寒病逝于上海红十字会医院。临终前，他对夫人汪颐年女士说：“你快去请医生，我不能就此死去，还有半部音乐史没有写完呢！”然而天年不遂，一代宗师溘然谢世。
在哀悼黄自的追思会中，由张昊作词、陈田鹤作曲的《悼今吾宗师》（合唱与管弦乐）表达了弟子们对恩师的衷心哀悼：“先生此去何匆匆，抛下了半篇残著，无数新声犹待谱，满腔曲调埋终古。”不由令人想起诗人格里尔帕泽为舒伯特写的墓志铭：“这里埋葬了丰富的宝藏，还有更美好的希望。”
历史上有些名人像流星的光芒一样很快就消失了，而黄自大师则不然。他杰出的艺术成就和崇高的人格魅力却越来越为世人所推崇。
1992年，黄自的歌曲《思乡》（韦瀚章词）、合唱《抗敌歌》、《长恨歌》（清唱剧）被评为20世纪华人音乐经典。1995年6月17日，在中央音乐学院举行了黄自塑像揭幕式。1997年9月，安徽文艺出版社出版了《黄自遗作集》，凡三卷：器乐作品分册、声乐作品分册及文论分册。2004年3月23日，上海音乐学院隆重举行纪念黄自100周年诞辰系列活动，包括黄自塑像的揭幕典礼，黄自作品音乐会和研讨会。在首都北京和海内外，也纷纷举办了各种纪念黄自100周年诞辰的活动。黄自对中国近现代音乐史的杰出贡献，正产生日益广泛的影响，并获得普遍的承认。
代表作品
《思乡》（韦瀚章词）、合唱《抗敌歌》、《长恨歌》（清唱剧）
